南京浦口自来水有限公司下辖江浦水厂和三岔水厂，设有综合行政科、党群监察科、安保稽查科、财务审计科、计划合约科、工程管理科、供水管理科、水质检测科、市场发展科共9个科室及江浦、桥林、星甸、汤泉、永宁5个经营部。
